Le città perdute in Amazzonia sono state a lungo un cliché nella narrativa di basso profilo; scienziati seri consideravano la selva come un ambiente in cui possono esistere solo culture umane primitive. Gli studi antropologici hanno finora confermato questo punto di vista: l'Amazzonia è un luogo in cui vivono le tribù indiane, situato al livello dell'età della pietra
Tuttavia, i dati archeologici contraddicono i dati antropologici: uno scienziato dell'Università della Florida (USA) Augusto Oyuela-Caicedo sta conducendo scavi nel Perù nord-orientale, nella giungla vicino alla città di Iquitos. Le sue scoperte confermano la teoria, che si è recentemente diffusa negli ambienti scientifici, che prima dell'arrivo degli europei in Amazzonia, c'era una cultura sviluppata con una popolazione fino a 20 milioni di persone (molto più degli attuali abitanti dell'Amazzonia).
Reperti in tumuli indiani - ceramica e terra, principalmente la cosiddetta terra preta ("terra nera"), che è una miscela di suolo locale con prodotti di scarto umano, carbone di legna e cenere. Tracce di una cultura estinta si trovano ovunque in Amazzonia: strati di terra preta dall'archeologo brasiliano Eduardo Neves dell'Università di San Paolo e dai suoi colleghi americani trovano vicino a Manaus. Gli indiani hanno aumentato la produttività della giungla non solo fertilizzando il suolo: ci sono ovunque aree della giungla con un numero anormale di alberi che portano frutti commestibili. Secondo i sostenitori dell'esistenza di civiltà avanzate nel bacino amazzonico nell'era precolombiana, questi sono i resti di frutteti. I ritrovamenti archeologici in Bolivia e Brasile (vicino al fiume Xingu) indicano:già alla fine del I millennio d. C. gli abitanti dell'Amazzonia erano in grado di spostare tonnellate di suolo, costruire canali e dighe che cambiavano i letti dei fiumi.
Il cambiamento nel punto di vista degli scienziati sulle antiche culture del bacino amazzonico è iniziato con le ricerche di Anna Roosevelt dell'Università dell'Illinois a Chicago negli anni '80: sull'isola di acqua dolce più grande del mondo, Marajo, alla foce dell'Amazzonia, sono state trovate fondamenta di case, ceramiche di alta qualità e tracce di agricoltura sviluppata.
Gli studiosi che negano l'esistenza di culture avanzate in Amazzonia in passato (per esempio, Betty Meggers della Smithsonian Institution) considerano i teorici come opportunisti che cercano di diventare famosi opponendosi a visioni classiche. Sostengono: se nel bacino amazzonico c'erano culture autoctone più avanzate di adesso, allora non differivano troppo da quelle attuali, né in termini di livello di sviluppo, né in termini di popolazione.
In risposta, gli adepti dell'Amazzonia sviluppata citano il monaco e cronista domenicano spagnolo Gaspar de Carbajal, che nel 1541, dopo aver navigato lungo il fiume Napo, scrisse di "città bianche scintillanti", "terra molto fertile", "belle strade" e canoe capaci di trasportare dozzine di guerrieri … Gli scienziati sostengono che una civiltà avanzata sia morta a causa delle malattie portate dagli europei, e le città costruite in legno e campi relativamente compatti furono rapidamente e quasi completamente inghiottite dalla giungla. (Va ricordato qui che culture diverse hanno capacità diverse di lasciare tracce per gli archeologi, a seconda dei materiali utilizzati. Se non fosse stato per alcune note miracolosamente conservate sulla corteccia di betulla facilmente in decomposizione, la maggior parte degli antichi novgorodiani sarebbe stata considerata analfabeta.)
E un'altra accusa contro coloro che considerano l'Amazzonia come la patria di culture altamente sviluppate: con le loro dichiarazioni sulla capacità della regione di sfamare milioni di persone senza danni all'ambiente, aiutano le aziende che fanno pressione per lo sviluppo attivo della regione. Eduardo Neves risponde così: "Umanizziamo la storia dell'Amazzonia".
