Rapporto sui risultati dell'analisi genetica di campioni di tessuto di mummie trovate in Perù. Questo rapporto è stato preparato nel novembre 2018.
Performers
- Laboratori CEN4GEN (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Preparazione e sequenziamento dei campioni.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Messico) - analisi dei dati del computer.
Dopo un'analisi preliminare per la qualità, sono stati prelevati 3 campioni su 7 campioni presentati per ulteriori analisi.
Campioni per analisi
| Designazione | Nome originale | Nome condizionale | Immagine |
| Ancient-0002 | Neck Bone Med seduto 00-12 Victoria 4 | Vittoria | Fig. 3.117 |
| Ancient-0003 | 1 mano 001 | Mano separata con 3 dita | Figura 3.118 |
| Ancient-0004 | Momia 5 - DNA | Vittoria | Fig. 3.117 |
Per questi campioni sono state eseguite le seguenti operazioni:
Video promozionale:
- Estrazione del DNA.
- Controllo della qualità del DNA.
- Moltiplicazione del DNA.
- Creazione di librerie di DNA.
- Sequenziamento del DNA.
- Formazione di dati sequenziati purificati.
- Controllo di qualità.
- Analisi preliminare sovrapponendo letture di DNA sul genoma umano.
- Analisi per l'isolamento di brevi letture di DNA tipiche del DNA antico.
- Sovrapposizione di letture di DNA Ancient0003 su librerie di genomi umani esistenti.
- Analisi mitocondriale per la rilevazione di varianti D-loop e altri siti informativi per la determinazione di aplotipi mitocondriali.
- Determinazione del sesso dei campioni Ancient0003.
- Identificazione di possibili organismi estranei nei campioni.
- Analisi di database di DNA per identificare somiglianze con organismi noti.
Figura 3.117. Estrazione di campioni dal collo di Victoria.
Per identificare possibili tipologie di organismi presenti nei campioni Ancient0004 e Ancient0002 (Victoria), è stato effettuato lo sketch del DNA (Ondov et al., 2016), in cui sono stati confrontati gruppi di brevi frammenti, k-mers, con i database disponibili. È stato utilizzato il software BBTools.
Sono stati testati i seguenti organismi:
- Batteri.
- Virus.
- Plasmidi.
- I fagi.
- Fungo.
- Plastid.
- Le diatomee.
- Umano.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: etichetta per i seguenti genomi:
- Lotus japonicus cloroplasto, genoma completo.
- Canis lupus familiaris cOR9S3P recettore olfattivo famiglia 9 sottofamiglia S pseudogene (cOR9S3P) sul cromosoma 25.
- Mitocondrio della Vigna radiata, genoma completo.
- Millettia pinnata cloroplasto, genoma completo.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Asinibacterium sp. Impalcatura OR531, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Bacillus firmus ceppo LK28 32, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Bupleurum falcatum cloroplasto, genoma completo.
- Alicycliphilus sp. B1, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Bacillus litoralis ceppo C44 Scaffold1, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Chryseobacterium takakiae ceppo DSM 26898, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans ceppo DSM 25387 Scaffold3, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Batterio Rhodospirillales URHD0017, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Bacillus onubensis ceppo 10J4 10J4_trimmed_contig_26, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, sequenza shotgun dell'intero genoma.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, sequenza shotgun dell'intero genoma.
-
Vertebrati: etichetta per i seguenti genomi:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoi.
Figura 3.118. Immagine e radiografia di due mani a tre dita.
Dopo tutti i filtri, sono state ricevute 27974521 letture per Ancient0002 e 304785398 letture per Ancient0004. Ciò mostra che il 27% del DNA dal campione Ancient0002 e il 90% del DNA dal campione Ancient0004 non possono essere identificati con i campioni di DNA degli organismi analizzati dai database disponibili.
La fase successiva dell'analisi è stata eseguita utilizzando il software megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). È stato ottenuto il seguente risultato:
- Ancient0002: 60852 contig, totale 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, avg 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) letture assemblate.
- Ancient0003: 54273 contig, totale 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, avg 972 bp, N50 1200 bp, 20.247.568 (65,69%) letture assemblate.
Il risultato dell'analisi è mostrato in figura.
Figura 3.116. Rapporto di letture classificate per 28073655 letture Ancient0002 (grafico in alto) e 25084962 letture Ancient0004 (grafico in basso) rispetto a 34904805 base di DNA che rappresenta 1109518 gruppi tassonomici.
Conclusione
A seguito dell'analisi è stato dimostrato che i campioni Ancient0002 e Ancient0004 (Victoria) non corrispondono al genoma umano, mentre il campione Ancient0003 corrisponde bene a quello umano.
Commento di Korotkov K. G
Si noti che la mano a tre dita apparteneva a una grande creatura, di dimensioni paragonabili a Maria, e il risultato ottenuto corrisponde al risultato dell'analisi del DNA di Maria. Victoria è una rappresentante delle "piccole creature" e il risultato mostra che il loro DNA non corrisponde a nessuna delle moderne creature terrene. Naturalmente, non abbiamo dati su antiche creature scomparse nel corso di milioni di anni.
link
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Materiali forniti da Konstantin Georgievich Korotkov (dottore in scienze tecniche, professore, Università di tecnologie dell'informazione, meccanica e ottica) e Dmitry Vladislavovich Galetsky (candidato di scienze mediche, I. P. Pavlov, First St. Petersburg State Medical University)
