L'Inquisizione, in quanto istituzione della chiesa, fa risalire l'inizio della sua attività al 1215. L'allora papa Innocenzo III, che ha approvato i diritti e gli obblighi fondamentali degli inquisitori, è più direttamente collegato alla creazione di un tribunale speciale per la Chiesa cattolica. Vale la pena dire che l'identificazione e la persecuzione dei cosiddetti "eretici" è iniziata quasi dai primi anni dell'emergere della religione cristiana e continua ancora oggi, ovviamente, non in una forma così sofisticata e radicale come nel Medioevo. La chiesa paleocristiana fu costretta a condurre una lotta disperata non solo con avversari esterni (principalmente nella persona degli imperatori romani), ma anche con contraddizioni interne. Le infinite controversie tra i rappresentanti del più alto clero cristiano sul grado di santità di alcuni testi, così come i disaccordi nella loro interpretazione, hanno portato, alla fine,alla creazione di un certo insieme unificato di regole riguardanti il clero. Sulla base degli insegnamenti apostolici di San Paolo e delle rivelazioni di Giovanni il Teologo, i vescovi hanno messo in luce la dottrina della "vera fede" comune a tutti i cristiani, dichiarando eretici e "persi" tutti coloro che non aderivano ai suoi canoni.
All'alba del cristianesimo, la pena massima per un apostata era la scomunica. Il primo caso di rigetto della proprietà di un eretico a favore del clero fu registrato nel 316. Qualche decennio dopo, nel 385, era già stata eseguita la prima condanna a morte con l'accusa di eresia. Lo scrittore e filosofo cristiano Priscillian fu giustiziato insieme a diversi seguaci della sua dottrina. Furono tutti bruciati sul rogo; non sarà superfluo notare che Priscillian predicava l'ascetismo, che non ha impedito ai fanatici della "vera fede" di farlo morire dolorosamente.
A partire dall'XI secolo, la persecuzione e la distruzione degli eretici cominciarono ad assumere un carattere di massa. Durante il tempo del famoso Federico Barbarossa (dal 1120 al 1190), fu sviluppato e introdotto un sistema per rilevare i crimini contro la religione. Secondo lei, i condannati per comportamento inappropriato nei confronti della chiesa erano soggetti al tribunale della chiesa. Allo stesso tempo, la denuncia era ampiamente utilizzata e incoraggiata, specialmente quando si trattava di cittadini facoltosi, le cui proprietà finivano invariabilmente nel tesoro della chiesa. Infine, nel 1229, papa Gregorio Nono fonda un vero tribunale ecclesiastico, il cui scopo è designato "per identificare, prevenire e punire le eresie". Successivamente, nel 1478, questo organo giudiziario fu trasformato nella cosiddetta "Inquisizione spagnola", una delle forme più radicali e selvagge di oscurantismo religioso.
Contrariamente alla credenza popolare, gli stessi inquisitori non hanno praticamente mai preso parte direttamente alle esecuzioni degli accusati di eretismo. Il loro compito era, fondamentalmente, determinare la colpevolezza o l'innocenza di un particolare sospetto. Gli imputati, nella stragrande maggioranza dei casi, sono stati sottoposti a sofisticate torture, cercando di strappare confessioni di interessi e credenze eretiche. Nel caso in cui un "eretico" non fosse morto durante la tortura, avesse confessato i crimini contro la chiesa e si fosse pentito di essi, gli veniva inflitta la punizione della chiesa (penitenza). Se l'accusato si ostinava a negare la sua colpevolezza o ad accettare un solo punto dell'accusa, respingendone altri, veniva riconosciuto come "eretico ostinato" e consegnato alla corte laica. Così,gli inquisitori hanno negato la responsabilità per l'ulteriore sorte della mano che è caduta su di loro e, formalmente, non hanno chiesto la sua condanna. Tuttavia, questa procedura legale è stata accompagnata dal desiderio delle autorità laiche di "punire in base al merito", che ha privato l'imputato di ogni speranza di clemenza.
L'Inquisizione fece la sua parte nella famosa "caccia alle streghe" iniziata alla fine del XV secolo. In quei giorni, un'ondata di isteria ha attraversato l'Europa, associata a voci sulla massiccia presenza di "servi del diavolo" e "fatto un accordo con Lucifero" tra la popolazione comune. In tutta onestà, va detto che, sebbene l'Inquisizione fosse impegnata nell'identificazione delle streghe, la maggior parte delle condanne a morte furono emesse senza la sua partecipazione, da tribunali secolari.
Gli inquisitori non hanno permesso la condanna senza processo, ma, allo stesso tempo, quasi mai prosciolti. Una persona accusata di eresia era colpevole a priori, soprattutto se la sua proprietà era di valore per gli ecclesiastici. Per questo motivo, la Santa Inquisizione spagnola imperversò soprattutto nelle ricche regioni d'Europa, devastando e condannando il fuoco di ricchi cittadini, contadini e commercianti, accusandoli di blasfemia e adorazione degli spiriti maligni. Allo stesso tempo, la testimonianza orale di "testimoni" è stata sufficiente per presentare le accuse, e per la denuncia è stata offerta una piccola ricompensa, prelevata dai beni confiscati dell'imputato.
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Secondo dati inesatti, il numero delle vittime dell'Inquisizione spagnola per l'intero periodo della sua attività supera le trecentoquarantamila persone, di cui circa trentaduemila bruciate vive. Più di diciassettemila furono bruciati dopo lo strangolamento, gli altri furono sottoposti a tortura, imprigionamento e altre pene. A poco a poco, l'istituzione dell'Inquisizione fu distrutta in quasi tutti i paesi europei, compresa la Spagna (nel 1834) e il Portogallo (nel 1820), dove la sua influenza era particolarmente forte. L'organizzazione con questo nome esiste da più tempo a Roma, solo nel 1908 viene ribattezzato il nome di Sacra Congregazione della Sacra Cancelleria.
