Si ritiene che la prima applicazione nota della crittografia sia l'uso di geroglifici speciali circa 4.000 anni fa nell'antico Egitto. Elementi di crittografia sono stati trovati già nelle iscrizioni dell'Antico e del Medio Regno, testi completamente crittografici sono noti sin dal periodo della XVIII dinastia. La scrittura geroglifica, derivata dalla pittografia, era piena di ideogrammi e, a causa della mancanza di vocalizzazione, consentiva di creare fonogrammi secondo il principio dei puzzle.
La crittografia degli egiziani non era usata per rendere la lettura difficile, ma più probabile, con il desiderio degli scribi di superarsi a vicenda in arguzia e ingegnosità, e anche, con l'aiuto di insoliti e misteriosi, per attirare l'attenzione sui loro testi. Uno degli esempi illustrativi sono i testi di glorificazione del nobile Khnumhotep II (XIX secolo aC) rinvenuti in una tomba ben conservata n. BH 3 nell'area di Beni Hasan.
Gli antichi egizi usavano almeno tre sistemi di crittografia.
Negli antichi testi indiani, tra le 64 arti, vengono nominati metodi per cambiare il testo, alcuni dei quali possono essere attribuiti a quelli crittografici. L'autore della tavoletta con la ricetta per la produzione di smalto per ceramiche della Mesopotamia ha usato designazioni rare, lettere omesse e ha sostituito nomi con numeri per nascondere ciò che è stato scritto. In futuro, ci sono vari riferimenti all'uso della crittografia, la maggior parte dei quali si riferisce all'uso negli affari militari.
Con l'avvento della scrittura fonetica, la scrittura è stata immediatamente semplificata. Nell'antico alfabeto semitico del II millennio a. C. c'erano solo circa 30 caratteri. Denotavano consonanti, così come alcuni suoni vocalici e sillabe. La semplificazione della scrittura ha portato allo sviluppo della crittografia e della crittografia.
Esempi dell'uso della crittografia possono essere trovati nei libri sacri ebraici, incluso il libro del profeta Geremia (VI secolo aC), dove è stato utilizzato un semplice metodo di crittografia chiamato atbash. Invece della prima lettera dell'alfabeto, hanno scritto l'ultima, invece della seconda, la penultima e così via.
Uno dei più antichi dispositivi crittografici conosciuti è lo skitala, noto anche come "cifra dell'antica Sparta". Skitala (o scitala dal greco σκυτάλη, bacchetta magica) è un dispositivo utilizzato per eseguire la crittografia di permutazione. Lo skitala era costituito da un cilindro e da una sottile striscia di pergamena avvolta attorno ad esso a spirale, su cui era scritto un messaggio. Questo dispositivo è stato inventato dagli Spartani ed è noto per essere stato utilizzato nella guerra di Sparta contro Atene alla fine del V secolo a. C. e.
